/ec/app/config/eccube/mail.yml

mail:
    transport: mail
    host:
    port:
    username:
    password:
    encryption: null
    auth_mode: null
    charset_iso_2022_jp: true ←falseをtrueに変更

/ec/src/Eccube/ServiceMailService.php

            ->setBody($body);

↓変更

            //->setBody($body);
            ->setBody($body)
            ->setCharset('iso-2022-jp')
            ->setEncoder(new \Swift_Mime_ContentEncoder_PlainContentEncoder('7bit'));

Outlookや有名なメーラでの確認は必須になります。